Da calciatore è stato un buon centrocampista ed ha giocato con Fiorentina, Pescara, Cagliari, Reggiana, Empoli, Licata, Nola, Viareggio, Acireale e Torres. Da allenatore ha iniziato come secondo di Renzo Ulivieri prima a Bologna e poi a Napoli. La sua carriera è iniziata nel 2001/02 subentrando alla quarta giornata sulla panchina dell'Acireale, in serie C2. Poi Pistoiese, in C1, Livorno, in B, con la promozione in serie A nel 2004, la Reggina, con la salvezza nel 2006/07 anche con la penalizzazione di undici punti, e la Sampdoria, con la qualificazione alla coppa Uefa del 2008. Mazzarri arriva a Napoli il 07/10/2009 per sostituire il tecnico Roberto Donadoni. Il nuovo tecnico ha firmato un contratto sino al 2011. Per il quale è previsto un compenso di un milione e mezzo di euro a stagione. A maggio del 2010 rinnova il contratto fino al 2013. A fine campionato (2013) lascia il Napoli, va all'Inter (sostituisce Andrea Stramaccioni)con un contratto biennale.